A influência do Cristianismo na legislação penal foi extensa e importante. Essa influência começou com a proclamação da liberdade de culto, pelo imperador Constantino e, mais propriamente, quando Constantino foi declarado a única religião do Estado, sob o imperador Teodósio I. O Direito Canônico tem origem disciplinar, sendo sua fonte mais antiga os Libri penitenciasses. Em face da crescente influência da igreja sob o governo civil, o Direito Canônico foi aos poucos estendendo-se à pessoas não sujeitas à disciplina religiosa, desde que se tratasse de fatos da natureza espiritual.
Com a conversão de Clodoveu, penetra o Cristianismo na monarquia franca, aí surgindo então a repressão penal de vários crimes religiosos e a jurisdição eclesiástica. Desde o século IX inicia-se a luta metódica e triunfadora do Papado para obter o predomínio sobre o poder temporal, pretendendo impor leis ao Estado, como representante de Deus. Assim, o poder punitivo da igreja protege os interesses religiosos de dominação. Surge daí o Corpus Juris Canonici, que se compõe do Decretum Gratiani, das Decretais de Gregório IX, do Liber Sextus, de Bonifácio VIII e as chamadas Clementinas, Constituições do Papa Clemente V. As disposições legislativas estabelecidas pelos papas são Decretais; as que se originam dos Concílios, chamam-se Canons. É dessa última expressão que deriva o Direito Canônico, também chamado de Direito Penal da Igreja.
O Direito Canônico dividia os crimes em delicta eclesiastica (de exclusiva competência dos tribunais eclesiásticos); delicta mere secularia (julgados pelos tribunais leigos) e delicta mixta, os quais atentavam ao mesmo tempo contra a ordem divina e a humana e poderiam ser julgados pelo tribunal que primeiro deles conhecesse. As penas distinguem-se em espirituales (penitências, excomunhão, etc) e temporales, conforme a natureza do bem a que atingem. As penas eram, em princípio, justa retribuição, mas dirigiam-se também ao arrependimento e à emenda do réu.
A influência do direito canônico foi benéfica segundo Heleno Cláudio Fragoso. Trouxe a humanização, embora politicamente a sua luta metódica visasse obter o predomínio do papado sobre o poder temporal para proteger os interesses religiosos de dominação. Proclamou a igualdade de todos os homens, acentuando o aspecto subjetivo do crime, opondo-se, assim ao sentido puramente objetivo da ofensa, que prevalecia no direito germânico. Favorecendo o fortalecimento da justiça pública, opôs-se à vingança privada decisivamente, através do direito de asilo e da trégua de Deus. Por força desta última, da tarde de Quarta-feira de manhã à manhã de Segunda-feira nenhuma reação privada era admissível, sob pena de excomunhão. Opôs-se também o Direito Canônico às ordálias e duelo judiciários e procurou introduzir as penas privativas de liberdade, substituindo as penas patrimoniais, para possibilitar o arrependimento e a emenda do réu.
A penitenciária é de inspiração nitidamente eclesiástica. Pregava cumprimento da pena em claustro ou cubículos. Defendeu a igreja a mitigação das penas. Os tribunais eclesiásticos nunca aplicavam a pena de morte, entregando o réu que deveria sofrê-la aos tribunais seculares. Parece certo que em seu ulterior desenvolvimento, afirmou-se a maior severidade dos tribunais eclesiásticos, especialmente com a Inquisição, que fez largo emprego da tortura, escrevendo negra página na história do Direito Penal. O processo inquisitório surgiu com o Concílio de Latrão e possibilitava o procedimento de ofício, sem necessidade de prévia acusação, pública ou privada.
Está em vigor hoje o Codex Juris Canonici, promulgado pelo Papa Bento XV, em 1917.
